一．熒光PCR原理

1．熒光共振能量傳遞 (FRET)

某熒光標記基團在激發光刺激下生成某波長的發射光，當另一屏蔽基團與其距離合適時，原發射光將會被屏蔽基團所吸收，并轉化為其他波長的發射光或熱能，稱之為FRET。

2．熒光化學：

熒光定量PCR所使用的熒光化學可分為兩種：熒光探針和熒光染料。PCR擴增時在加入一對引物的同時加入一個特異性的熒光探針，該探針為一寡核苷酸，兩端分別標記一個報告熒光基團和一個淬滅熒光基團。探針完整時，報告基團發射的熒光信號被淬滅基團吸收；PCR擴增時，Taq酶的5’－3’外切酶活性將探針酶切降解，使報告熒光基團和淬滅熒光基團分離，從而熒光監測系統可接收到熒光信號，即每擴增一條DNA鏈，就有一個熒光分子形成，實現了熒光信號的累積與PCR產物形成完全同步。

二．實時熒光PCR技術靶基因的確定及引物和探針的設計原則

1．靶基因的確定：選擇檢測組共有的基因以避免檢測的假陰性(漏檢)。

2．檢測片段的確定：選擇檢測組內的保守 (突變少)（避免假陰性）、組間特異的序列 (突變多)（避免假陽性）作為引物探針的設計位置。片段長度70-150bp。

3．引物：長度17-25bp;GC含量30-80%;退火溫度(Tm值)58-60℃；避免穩定的引物二聚體（特別是多聯檢測）及發夾結構(自由能大于-3.5kc/m)；序列不能出現連續的G，3’端避免G或C，最后5個堿基內避免兩個以上的G或C。

4．探針：長度20-30bp（Taqman)或16-25bp(MGB)；GC含量30-80%；Tm值為68-70℃；避免穩定的二聚體及發夾結構 (自由能大于-3.5kc/m)；5’端不能是G；位置盡量靠近上游引物；選擇波長差異較大（多聯檢測）或Fam(單聯檢測）的熒光標記。

三.特點和優勢

1．特異性強：引物和探針的“雙保險”，避免檢測的假陽性。

2．靈敏度高：分析PCR產物的對數期，自動化儀器收集熒光信號，避免了許多人為因素干擾。

3．避免污染：全封閉反應，無須PCR后處理。

4．實現定量：運用標準品獲得標準曲線，結合Ct值進行準確定量。

5．高效低耗：可實現一管多檢。

6．操作簡便：在線式實時監測擴增結果，不必接觸有害物質。

7．快速：反應時間<1.5小時。

四．實用意義：

1．提高檢測效率，縮短檢測周期，提高通關速度；

2．降低檢測成本，提高經濟與社會效益。

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