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2014 年12月17日，《自然》雜志發表中國增刊,對2014年在68個自然科學期刊上的中國論文發表情況進行分析。 華大基因名列中國科研機構第48，在生命科學領域則名列第15名。在《自然》和《科學》的發表指數排名中，華大基因位列第五名。

此外，增刊發表專題文章評價深圳科研實力。以下為原文：

深圳從一個曾經的小漁村發展成為中國科技發展的奇跡，成為了基因組學，蛋白質組學和生物信息分析領域的領頭羊。

過去，深圳最出名的是由廉價的勞動力生產出來的山寨貨。如今，這個城市被重新定位為世界領先的遺傳學研究中心。其中總部位于深圳的基因測序機構華大基因，數據產出占全球50%。2013年，華大基因成功收購了其競爭對手-美國Complete Genomics公司，進一步鞏固了其在組學領域的領導地位。

而華大基因的成功只是深圳改革歷程的一個方面。2011年，深圳發布了第十二個五年計劃，以支持六大戰略新型行業的研究和創新：生物技術，互聯網，新能源，高新材料，文化創意和信息技術。該計劃的目標是到2015年，六大產業的總產值達490億美元，即相當于深圳GDP的20%。

目前，生命科學仍是深圳研究優勢的主導領域。深圳在化學領域中的產出有所提高，雖然自然指數顯示該領域的“加權分值計數法”指數(簡稱WFC)仍低于全國平均水平的15%。

華大基因是深圳貢獻最大的機構，共發表了51篇自然指數文章，占了深圳WFC指數的44%。其中發表在《自然》和《科學》雜志上的七篇文章已占了產出的12%。是中國科研機構中，《自然》和《科學》文章在WFC指數占比排名第二高的機構，第一為中科院古脊椎動物和古人類研究所。

華大基因院長王俊主導發表了大部分文章。去年，他發表了35篇文章(WFC=11.7)，最值得關注的有小麥，蝙蝠和鴿子基因組。其中發表在《科學》雜志的蝙蝠文章“Comparative analysis of bat genomes provides insight into the evolution of flight and immunity”被評為2013年中國最具影響力的文章之一。另兩位主要貢獻者為徐訊和張國捷，他們各發表了三篇文章。徐訊的三篇文章(WFC=1)為綿羊，梨和野生水稻基因組;張國捷的三篇文章(WFC=0.9)為中華鱉，綠海龜基因組和一篇比較現代家養馬與史前馬基因組的文章。

深圳的其他產出主要來自于深圳先進院和深圳大學，WFC指數分別為32%和14%。自然指數顯示，深圳先進院的所有產出均來自化學領域。該中科院機構發表了13篇文章(WFC=11.4)，占了全市化學WFC指數的2/3以上。大部分文章由分析化學家張春陽領導完成，他去年貢獻了十篇文章(WFC=9.5)，基于檢測轉錄因子、酶和microRNAs的工具-量子點和聯合檢測擴增。

成立于31年前的深圳大學是深圳物理科學的領先機構。2013年，深圳大學在這些領域發表了7篇文章(WFC=3)，且主要發表在《應用物理快報》。袁小聰是深圳大學最大的貢獻者，發表了三篇光鑷子文章(WFC=0.7)。他表示，我們是首個使用聚焦表面等離激元來捕獲金屬粒子的。該實驗對增強拉曼光譜有重要作用，拉曼光譜是廣泛應用于化學和固體物理學的表面成像技術。

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