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據454 基因組研發總監Chinnappa Kodira介紹:盡管腸出血性大腸桿菌的部分片段一周前通過短讀長測序平臺獲得了初步結果,但整個基因組的裝配工作還未完成;整個基因的排布、內容等判斷腸出血性的機理還有待進一步數據的完善得出結論;因此英國健康保護局相繼開始在454 GS Junior的平臺上對O104株型進行更完整的解讀,并于6月14日之前將迄今最完整的基因組數據上傳至NCBI。 當前通過454獲得了完整的基因組裝配序列,裝配的完整性對于了解基因組結構,特別是如何獲得致病性基因具有特別的意義,因其可判斷致病性基因區段如何通過水平基因轉移機制形成當前的致病株,以及整個進化、推進的全過程。結果顯示致病株整合了來自其他兩個株型的基因序列形成了兩段特別的基因組序列與質粒序列,很可能對就是致病性產生的機制,這樣的隨機整合使O104不再平凡。 這場令數十人喪生,數千人入院治療的疫情牽動了來自全球各地疾病控制中心與健康保護機構的神經,生命的脆弱帶來的震動對于一探究竟的科研工作帶來了無限動力;貫以長序列讀長病原微生物檢測,宏基因組研究著稱的454測序平臺成為此次解密當仁不讓的選擇,而對于此類基因組較小的物種,精巧型的測序平臺GS Junior完全可以勝任。使用454 GS Junior平臺完成一次測序僅需10小時,由于獲得的序列讀長較長,2小時內完成數據處理。 454 CEO Christopher McLeod 說,很欣慰能夠看到454測序技術在人類健康研究中做出的貢獻",可以在疫情爆發事件中提供快速、高質的基因組數據,為診斷與醫療提供強有力的數據是454 技術致力不變的發展方向。 羅氏的診斷部門在成功收購德國寶靈曼公司(Boehringer Mannheim GmbH.)后,成立了專業服務于科學研究領域用戶的羅氏應用科學部(Roche Applied Science),憑借半個多世紀在生命科學研究領域積累的經驗,羅氏應用科學部已成為在此領域中具領先地位的試劑及系統供應商之一。從耗時少的,全自動的樣本制備系統(MagNA Lyser和 MagNA Pure),到快速精準的卡盤式LightCycler? 2.0 和 模 塊 式 高 通 量LightCycler? 480 系列熒光定量 PCR儀,以及創新的超高通量基因組測序系統 Genome Sequencer FLX System、GS Junior System 和 NimbleGen.高密度 DNA 芯片,羅氏應用科學部研究和開發了多種應用于分子生物學相關研究領域的產品――廣泛地應用在基因組學和蛋白組學研究中。秉承不斷投入創新的精神,羅氏近年來在細胞學領域不斷加大投入,最新推出的創新xCELLigence實時、 無標記細胞分析系統和細胞計數和分析領域的領軍品牌Innovatis,為細胞學基礎研究、藥物研發和生產流程控制提供了高效的篩選和檢測工具,構建了一套從基因組學方面到細胞組學方面的高效、完整研究解決方案。 ## 關于454 ## 454是第一家新一代測序技術的締造者,基于焦磷酸測序的基本原理,將其優化為迄今為止可達1Kbp單一序列讀長的測序平臺,以其長序列讀長測序保持著在領域內無法替代的應用地位;2007年位于美國Branford 的454公司被羅氏收購,整合至羅氏診斷應用科學部,成為其最重要的產品線之一,為探索新一代測序技術在人類健康事業中的應用而奮力前行。 信息來源: 1 Health Protection Agency press release June 13, 2011: http://www.hpa.org.uk/NewsCentre/NationalPressReleases/2011PressReleases/110613Ecoligenome/ 使用454平臺測得的腸出血性大腸桿菌基因組數據已上傳至NCBI,可在如下鏈接進行下載: |
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