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        生物資訊

        GS Junior對(duì)腸出血性大腸桿菌全基因組測(cè)序能獲得較完整的裝配數(shù)據(jù)

        作者:Health Protectio… 來(lái)源:Health Protection Agency 發(fā)布時(shí)間: 2011-06-21 08:17  瀏覽次數(shù):
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        據(jù)454 基因組研發(fā)總監(jiān)Chinnappa Kodira介紹:盡管腸出血性大腸桿菌的部分片段一周前通過(guò)短讀長(zhǎng)測(cè)序平臺(tái)獲得了初步結(jié)果,但整個(gè)基因組的裝配工作還未完成;整個(gè)基因的排布、內(nèi)容等判斷腸出血性的機(jī)理還有待進(jìn)一步數(shù)據(jù)的完善得出結(jié)論;因此英國(guó)健康保護(hù)局相繼開(kāi)始在454 GS Junior的平臺(tái)上對(duì)O104株型進(jìn)行更完整的解讀,并于6月14日之前將迄今最完整的基因組數(shù)據(jù)上傳至NCBI。

         

        當(dāng)前通過(guò)454獲得了完整的基因組裝配序列,裝配的完整性對(duì)于了解基因組結(jié)構(gòu),特別是如何獲得致病性基因具有特別的意義,因其可判斷致病性基因區(qū)段如何通過(guò)水平基因轉(zhuǎn)移機(jī)制形成當(dāng)前的致病株,以及整個(gè)進(jìn)化、推進(jìn)的全過(guò)程。結(jié)果顯示致病株整合了來(lái)自其他兩個(gè)株型的基因序列形成了兩段特別的基因組序列與質(zhì)粒序列,很可能對(duì)就是致病性產(chǎn)生的機(jī)制,這樣的隨機(jī)整合使O104不再平凡。

        這場(chǎng)令數(shù)十人喪生,數(shù)千人入院治療的疫情牽動(dòng)了來(lái)自全球各地疾病控制中心與健康保護(hù)機(jī)構(gòu)的神經(jīng),生命的脆弱帶來(lái)的震動(dòng)對(duì)于一探究竟的科研工作帶來(lái)了無(wú)限動(dòng)力;貫以長(zhǎng)序列讀長(zhǎng)病原微生物檢測(cè),宏基因組研究著稱(chēng)的454測(cè)序平臺(tái)成為此次解密當(dāng)仁不讓的選擇,而對(duì)于此類(lèi)基因組較小的物種,精巧型的測(cè)序平臺(tái)GS Junior完全可以勝任。使用454 GS Junior平臺(tái)完成一次測(cè)序僅需10小時(shí),由于獲得的序列讀長(zhǎng)較長(zhǎng),2小時(shí)內(nèi)完成數(shù)據(jù)處理。

        454 CEO Christopher McLeod 說(shuō),很欣慰能夠看到454測(cè)序技術(shù)在人類(lèi)健康研究中做出的貢獻(xiàn)",可以在疫情爆發(fā)事件中提供快速、高質(zhì)的基因組數(shù)據(jù),為診斷與醫(yī)療提供強(qiáng)有力的數(shù)據(jù)是454 技術(shù)致力不變的發(fā)展方向。

        羅氏的診斷部門(mén)在成功收購(gòu)德國(guó)寶靈曼公司(Boehringer Mannheim GmbH.)后,成立了專(zhuān)業(yè)服務(wù)于科學(xué)研究領(lǐng)域用戶的羅氏應(yīng)用科學(xué)部(Roche Applied Science),憑借半個(gè)多世紀(jì)在生命科學(xué)研究領(lǐng)域積累的經(jīng)驗(yàn),羅氏應(yīng)用科學(xué)部已成為在此領(lǐng)域中具領(lǐng)先地位的試劑及系統(tǒng)供應(yīng)商之一。從耗時(shí)少的,全自動(dòng)的樣本制備系統(tǒng)(MagNA Lyser和 MagNA Pure),到快速精準(zhǔn)的卡盤(pán)式LightCycler? 2.0 和 模 塊 式 高 通 量LightCycler? 480 系列熒光定量 PCR儀,以及創(chuàng)新的超高通量基因組測(cè)序系統(tǒng) Genome Sequencer FLX System、GS Junior System 和 NimbleGen.高密度 DNA 芯片,羅氏應(yīng)用科學(xué)部研究和開(kāi)發(fā)了多種應(yīng)用于分子生物學(xué)相關(guān)研究領(lǐng)域的產(chǎn)品――廣泛地應(yīng)用在基因組學(xué)和蛋白組學(xué)研究中。秉承不斷投入創(chuàng)新的精神,羅氏近年來(lái)在細(xì)胞學(xué)領(lǐng)域不斷加大投入,最新推出的創(chuàng)新xCELLigence實(shí)時(shí)、 無(wú)標(biāo)記細(xì)胞分析系統(tǒng)和細(xì)胞計(jì)數(shù)和分析領(lǐng)域的領(lǐng)軍品牌Innovatis,為細(xì)胞學(xué)基礎(chǔ)研究、藥物研發(fā)和生產(chǎn)流程控制提供了高效的篩選和檢測(cè)工具,構(gòu)建了一套從基因組學(xué)方面到細(xì)胞組學(xué)方面的高效、完整研究解決方案。
         

        ##      關(guān)于454     ##

        454是第一家新一代測(cè)序技術(shù)的締造者,基于焦磷酸測(cè)序的基本原理,將其優(yōu)化為迄今為止可達(dá)1Kbp單一序列讀長(zhǎng)的測(cè)序平臺(tái),以其長(zhǎng)序列讀長(zhǎng)測(cè)序保持著在領(lǐng)域內(nèi)無(wú)法替代的應(yīng)用地位;2007年位于美國(guó)Branford 的454公司被羅氏收購(gòu),整合至羅氏診斷應(yīng)用科學(xué)部,成為其最重要的產(chǎn)品線之一,為探索新一代測(cè)序技術(shù)在人類(lèi)健康事業(yè)中的應(yīng)用而奮力前行。

        信息來(lái)源:

        1 Health Protection Agency press release June 13, 2011: http://www.hpa.org.uk/NewsCentre/NationalPressReleases/2011PressReleases/110613Ecoligenome/

        使用454平臺(tái)測(cè)得的腸出血性大腸桿菌基因組數(shù)據(jù)已上傳至NCBI,可在如下鏈接進(jìn)行下載:
        2 The sequence data can be viewed on the NCBI website http://www.ncbi.nlm.nih.gov/.
        The GeneBank Project ID is 67929 and the accession number is afpn00000000. The data can also be viewed on the HPA website: www.hpa-bioinformatics.org.uk/lgp/genomes.

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